Siendo uno de los relojes más antiguos de América Latina. Como es el caso de sus congéneros en América, la traza y alzado que presenta actualmente la Catedral de Comayagua ofrece un largo proceso de construcciones y reconstrucciones que se remontan hasta mediados del siglo XVIII. Se desconoce cual haya sido su traza original por carencia absoluta de documentos de este periodo, sin embargo en 1610
se informa que producto del mal tiempo resultó muy dañado; de este mismo informe se desprende una descripción de esta estructura en la que se dice que es de paredes de adobe y techo de teja con artesanado. En las investigaciones arqueológicas realizadas por el Instituto Hondureño de Antropología e Historia (IHAH) durante el periodo 2000-2001, se encontraron los cimientos de la catedral anterior. La iglesia ocupa media manzana incluyendo la sala capitular, presenta dos fachadas hacia el exterior y las otras quedan como fachadas interiores dentro del conjunto. Un templo de fachadas barrocas con algunos elementos arcaizantes, como la portada de acceso al patio de los naranjos. En la fachada principal se observa una torre, al costado norte, de grandes dimensiones y adelantada en su totalidad con respecto al plano de la fachada. La torre presenta cuatro cuerpos horizontales, dos contrafuertes en la cara oeste, veinte ventanas de arco de medio punto (siendo los del cuarto cuerpo las más peraltadas), dos filas de campanas y está cubierta por una cúpula semiesférica revestida de ladrillo esmaltado de color verde y amarillo que remata con una linternilla. Entre estos elementos se observa gran profusión de decoraciones de estrujo en alto relieve como ser la combinación de palmas y uvas eucarísticas. En el centro del primer cuerpo está el acceso con arco doblado de medio puente y sobre él, en el segundo cuerpo, un óvulo abocinado. La fachada se corona con un remate mixtilínea. Se hace notar que los capiteles de las columnas son muy particulares y en sus fuentes están decorados de símbolos alusivos a la Inmaculada Concepción de María, en honor de quien se erigió la iglesia. Las fachadas laterales son rectas y presentan contrafuertes de remate curvilíneo que los modulan y entre los
cuales se ubican las ventanas. La portada de la fachada sur es de un barroco exquisito, consta de dos cuerpos definidos por columnas con decoraciones de vides semejando columnas salomónicas y rematando con piñas. Sobresale una cúpula central del presbiterio revestida de ladrillo esmaltado con linternilla y rodeada de una artística barrocada de típicos remates. De la sala capitular sólo se identifica como original la portada de cantería en cuya clave hay una inscripción labrada en bajo relieve. Internamente el templo, es una planta arquitectónica en forma de "L" con un pequeño ábside de un muro donde se ubica el retablo mayor. Consta de tres naves cubiertas por tres bóvedas de cañón corrido con arcos fajones, los cuales descansan sobre pilares cruciformes, dividen la nave central de los laterales arcos torreados de medio punto los cuales tienen diez metros de altura. El presbiterio está separado de la nave por un arco triunfal y está cubierto por tres cúpulas semiesféricas. La central descansa sobre un tambor de planta octogonal con ocho ventanas con arcos de medio punto. En sus entradas se observan finas decoraciones en yesería simulando nervios. Todo el interior de la cubierta de esta capilla está totalmente recubierto de altorrelieve de flores y estrellas enmarcadas en recuadros iguales. Los altorrelieves de la cúpula de la capilla presentan figuras de árbol de palma y el sol. Las pechinas presentan ángeles en altorrelieve de expresión rígida. El templo posee valiosos bienes muebles entre ellos un púlpito, retablos barrocos de excelente factura y el órgano de finales del siglo XIX...
