Su nombre deriva de la palabra Mapuche "Keillun", que significa "Ayudantura", ya que en épocas pasadas la zona donde hoy se emplaza el pueblo, era un descanso para lo viajeros que se desplazaban desde y hacia Concepción. Con la llegada de los españoles, formó parte de la Provincia de Concepción (Departamento de Puchacay) conocida como zona de grandes fundos. A partir del año 1600 aproximadamente, llegan familias españolas desde ciudades arrasadas del sur y solicitan asentamiento en estas tierras. Luego, con el uso frecuente del camino Concepción-Florida-Quillón-Bulnes que conduce finalmente a Chillán, fue también lugar de descanso de los viajeros, quienes debían esperar muchas veces por las inclemencias del tiempo, para cruzar el Río Itata mediante balsas. Ante el aumento poblacional en el sector, se construye la Parroquia Inmaculada Concepción de Quillón, que data del año 1832, destruida tras el terremoto que afectó la zona en 2010. En torno a la parroquia se fue formando un caserío y ya en 1846 un documento legal da cuenta de los orígenes de Quillón como aldea. Finalmente el 22 de diciembre de 1891 la, en ese entonces, villa de Quillón se transforma en la capital de la comuna homónima y recién en el siglo XX se definen sus límites territoriales actuales y su dependencia administrativa de la Provincia de Ñuble.
