Cikal bakal Fakultas Pertanian adalah dibentuknya suatu lembaga pendidikan dengan nama Lembaga Pendidikan Tinggi Pertanian (LPTP) yang dalam bahasa Belanda adalah Landbouwwetenschap pada tahun 1940. Pada tahun 1950, LPTP berubah berubah menjadi Fakultas Pertanian Universitas Indonesia. Fakultas ini juga merupakan fakultas tertua di Universitas Indonesia kala itu. Pada tahun 1963, Fakultas Pertan
ian (Faperta) UI dan Fakultas Kedokteran Hewan (FKH) UI mengembangkan diri dengan cara menjadi sebuah institusi pendidikan sendiri yang akhirnya terkenal sebagai Institut Pertanian Bogor (IPB). Pada Tahun 1984 hingga tahun 2005, Fakultas Pertanian IPB memiliki 5 Jurusan dan 9 Program Studi yakni Jurusan Budidaya Pertanian (BDP), Jurusan Ilmu Tanah (TNH), Jurusan Hama dan Penyakit Tanaman (HPT), Jurusan Gizi Masyarakat dan Sumberdaya Keluarga (GMSK), Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian (Sosek)
Jurusan Budidaya Pertanian terdiri dari Program Studi Agronomi, Hortikultura, Pemuliaan Tanaman dan Teknologi Benih serta Arsitektur Pertamanan yang kemudian lebih dikenal sebagai Arsitektur Lanskap. Jurusan Sosek memiliki 3 program Studi yakni program Studi Agribisnis, EPS dan Komunikasi Pengembangan Masyarakat. Sementara Jurusan Ilmu Tanah, Hama Penyakit Tanaman dan Gizi Masyarakat dan Sumberdaya Keluarga masing-masing memiliki satu program Studi sesuai nama jurusannya. Seiring terbentuknya BHMN IPB, dilakukan pengaturan kembali Jurusan di IPB dan merubah istilah Jurusan menjadi Departemen atau yang lebih dikenal sebagai Departemenisasi. Dalam penetapan kembali Departemen di IPB, terdapat beberapa program studi di Faperta yang berkembang menjadi Departemen. Semenjak tahun 2005, Departemen yang ada di Faperta adalah Departemen Agronomi dan Hortikultura, Departemen Tanah dan Sumberdaya Lahan, Departemen Proteksi Tanaman dan Departemen Arsitektur Lanskap. Sementara Jurusan Sosek dan Jurusan GMSK yang sebelumnya berada di bawah naungan Faperta, mengembangkan diri di bawah manajemen Fakultas Ekonomi dan Manajemen (FEM) dan Fakultas Ekologi Manusia (FEMA)
